EL MICROBIOMA: DE LA MUESTRA AL ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO

Contenidos mínimos: Teóricos: Comprensión de los conceptos clave en análisis de microbioma ambiental, incluyendo la preparación y control de calidad de datos de secuenciación. Uso de herramientas bioinformáticas para el procesamiento, análisis taxonómico y evaluación de diversidad microbiana en diferentes entornos ecológicos. Interpretación de resultados en el contexto de la ecología microbiana y sus funciones en el ecosistema. Flujo de trabajo NGS: Proceso completo de análisis de microbioma ambiental, desde la toma de muestra y preservación hasta la secuenciación y análisis de datos. Diferencias en el flujo de trabajo según el tipo de ambiente (suelo, agua, aire, sedimentos). Comparación de plataformas de secuenciación, lectura corta (Illumina) vs. lectura larga (Nanopore, PacBio) y su impacto en la resolución taxonómica y análisis funcional en estudios ambientales. Selección de plataformas según el objetivo del estudio (diversidad microbiana, análisis funcional o identificación de patógenos ambientales). Control de calidad de datos: Evaluación de la calidad de los datos generados y mejora de los mismos con herramientas bioinformáticas. Asignación taxonómica y análisis de diversidad microbiana: Métodos de clasificación de secuencias utilizando bases de datos (SILVA, Greengenes, RDP). Cálculo de índices de diversidad (Shannon, Faith) y análisis de la estructura de la comunidad microbiana. Interpretación Ecológica y Aplicaciones Ambientales. Interpretación ecológica de los resultados del análisis del microbioma ambiental. Prácticos: simulaciones de laboratorio para la recolección y extracción de ADN de muestras ambientales. Ejercicios de bioinformática utilizando plataformas como QIIME2 u otras, para el análisis de datos de secuenciación. Análisis estadísticos y visualización de datos de microbioma. Análisis sobre microbiomas en diferentes entornos.