DESCIFRADO DE CARACTERÍSTICAS EN ORGANISMOS PROCARIOTAS MEDIANTE EL ANÁLISIS DE DATOS DE SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO

Contenidos mínimos: Teóricos: Habilidades fundamentales: Conceptos fundamentales de la línea de comandos de Linux/Unix, incluida la manipulación de archivos, la navegación y la interacción con servidores remotos. Flujo de trabajo NGS: Proceso completo de NGS, desde la preparación de la muestra hasta la secuenciación y el análisis de datos inicial. Comparación de plataformas de secuenciación de lectura corta y larga y su impacto en el análisis de datos. Control de calidad de datos: Técnicas para evaluar y mejorar la calidad de los datos NGS. Variaciones en la calidad del ADN de diferentes fuentes. Ensamblaje del genoma: Conocimientos fundamentales sobre algoritmos de ensamblaje y diferentes métodos de ensamblaje. Herramientas de ensamblaje populares como SPAdes y Unicycler. Evaluación de la integridad y calidad de los genomas ensamblados. Anotación del genoma bacteriano: Estrategias para anotar genomas bacterianos según los recursos disponibles. Herramientas bioinformáticas más utilizadas. Genómica comparativa y aplicaciones bioinformáticas: Herramientas para comparar genomas e identificar características de interés como posibles compuestos bioactivos. Prácticos: Experiencia práctica con la línea de comandos de Linux/Unix, dominando los conceptos básicos para la manipulación de archivos, navegación de directorios e interacciones con servidores remotos. Ejemplos prácticos relevantes para la manipulación y análisis de datos biológicos: control de calidad y pre-procesamiento de lecturas, herramientas de ensamblaje populares como SPAdes y Unicycler y posterior evaluación de ensamblados, anotación de genomas.